Борьба с возникшими ошибками при экспорте данных через нативный инструмент mysqldump в СУБД MySQL — дело тривиальное. Смотрим на сообщения в окне логов. После завершения экспорта полоска будет полностью заполнена и под ней будет сообщение вроде такого: «Status: 5 of 5 exported».
Если в процессе экспорта были ошибки, то над полоской будет примерно такая надпись: «Export completed with 2 errors», а в самом конце логов будет примерно такая надпись «08:42:47 Export of D:\some\db has finished with 2 errors».
Чтобы выявить в чём именно ошибки надо смотреть логи экспорта, которые выводятся там же, ниже, в области под лейблом «Log». Здесь надо найти сообщения об ошибках. Либо просматриваем логи что называется глазами, либо же копируем в какой-нибудь хороший текстовый редактором, например, Notepad++, и ищем обычным поиском по тексту по, например, таким ключевым словам: «mysqldump:», «error». В результате поисков будут найдены примерно такие строки: «mysqldump: Got error: 144: Table ‘./some_db/any_table'».
Дальше разбираемся с проблемной таблицей, смотрим что в ней не так, что сломалось. Для проверки и починки таблиц некоторых движков таблиц в MySQL есть специальные команды.